中国科学院上海分院系统所属的研究院所全程参与共建办学，学校与各研究院所的教育资源、科研设施、技术平台等相互开放，资源共享，优势互补。中科院上海分院，在上海地区共有11个事业法人研究机构，聚焦于新能源、新材料、信息、空间、海洋、人口健康等科技前沿、战略方向和民生需求，在物质科学、信息科学、生命科学等学科领域开展学术研究并进行高技术研发，拥有上海光源、国家蛋白质科学研究（上海）设施、65米射电望远镜等大科学装置和平台。上海分院沪区现有一支万余人的科研、管理和支撑队伍，其中固定人员8000多人；直接从事科研的专业技术人员5000多人，其中高级研究人员1800多人。有中国科学院院士50人，中国工程院院士12人。经过60多年的创新发展，中科院上海分院已成为我国重要的具有国际先进水平的科学研究基地、培养造就高级科技人才的基地和促进高技术产业发展的基地。 同时，学校与中国科学院上海高等研究院在中国科学院上海浦东科技园内融为一体。中科院上海高等研究院，是中国科学院与上海市人民政府共建的一所年轻的国立科研机构，于2009年在上海浦东张江高科园区揭牌，2010年底入驻中科院上海浦东科技园。上海高研院致力于构建交叉型、集成型的科技创新平台，着力打通原始科学创新、技术创新与系统集成、成果转移转化与产业化的价值链，通过创新体制机制，提供有效的科技解决方案，努力为国家战略需求和区域经济社会发展做贡献。